EKO stimuleert een gezonde levensstijl met een evenwichtig voedingspatroon. Gezondheid is een van de belangrijkste redenen voor consumenten om biologisch te kopen.

Het niet gebruik maken van chemisch-synthetische bestrijdingsmiddelen in de teelt van plantaardige producten, de sterke beperking van antibiotica in de biologische veehouderij en het ontbreken van chemisch-synthetische toevoegingen aan verwerkte producten vormen voor de consument de gezonde basis van biologisch. EKO-winkels voeren veel acties met verse en onbewerkte producten, die volgens de Voedingsraad extra bijdragen aan een goede gezondheid.