Puur en schoon gaat over het gebruik van water en het gebruik van milieuvriendelijke, niet-schadelijke middelen. Watervervuiling wordt voorkomen of er is waterzuivering aanwezig. 

Voor fabrikanten van producten en merkhouders geldt het uitgangspunt ‘zo onbewerkt mogelijk’. EKO-bedrijven vermijden zoveel mogelijk onnodige toevoegingen (zoals zout, geraffineerde suiker en smaakversterkers). Producten met het EKO-keurmerk zijn door de hele keten geproduceerd zonder GMO’s en zonder gebruik van nano-technologie.